קיט זה מתאר בהרחבה ובפרוטרוט את עץ המערכת האוניברסלי (נקרא גם עץ המערכת הג'נרי או הבסיסי) של מפת"ח. עץ המערכת האוניברסלי מתאים, בעיקרון, לכל מערכת ממוחשבת, מכל סוג והיקף. עץ המערכת משמש בסיס לכל מסמכי המערכת הראשיים: תיק אפיון, מפרט, תיק בדיקות, תיק תחזוקה וכו'. גם עצי המערכת הייחודיים שבכרך התמחויות אינם אלא וריאנטים של עץ המערכת האוניברסלי. הבנה יסודית של קיט זה היא תנאי הכרחי להבנת הקיטים האחרים של מפת"ח ולניהול מסודר של כל פרויקט ומערכת ממוחשבת.
ברמה המתודולוגית, עץ המערכת הוא הקונספט הראשי של מפת"ח והציר המרכזי של מודל המטריצה העומד ביסוד השיטה. ברמה המעשית, עץ המערכת הוא "עמוד השדרה" של כל מסמך ראשי המתאר את המערכת. המערכת מתוארת, להלכה ולמעשה, ע"י מסמך לוגי אחד (תיק המערכת). תיק המערכת עובר גלגולים שונים במהלך פיתוח המערכת ותחזוקתה: ממסמך ייזום למסמך אפיון, למפרט, לתיק עיצוב, לתיק בדיקות ואף לתחזוקה. כל הגלגולים האלה, המסמכים המרכזיים של המערכת, בנויים באותו מבנה - עץ המערכת - ויוצרים בכך המשכיות (Continuity) מצד אחד ויכולת בקרה ועקיבות (Traceability) מצד שני.