פרויקט הוא מיני-ארגון. יש לו מבנה משלו הכפוף למבנה הארגוני הכללי ומאידך הוא חוצה מבנים קיימים וכולל קשרים עם מספר רב של גורמים, פנימיים או חיצוניים ליחידת מערכות המידע, המעורבים אד-הוק בפרויקט.
כחלק מהמבנה הארגוני מוקמות ועדות המלוות את הפרויקט כמו ועדת היגוי, גוף משתמשים ועוד בהתאם לנוהלי הארגון.